Герб Главного административного управления ФАПСИ. 1999-2003.

В багряном русском щите увенчанный короной золотой столп, сопровождаемый по сторонам выходящими из-за его основания и устремленными вверх топографическими стрелами: справа – белой, слева – лазуревой.

Щит поверх стоящего острием вниз серебряного меча помещен на груди увенчанного одной золотой императорской короной с окаймленными золотом ниспадающими лазуревыми лентами золотого двуглавого орла с черными молниями на распростертых крыльях, держащего в правой лапе серебряный пернач, в левой – серебряную пальмовую ветвь.

Раскрытие символики герба. Коронованный столп (колонна) в традиции российской геральдики служит символом законопорядка, разноцветные топографические стрелы в «царском» багряном (пурпурном( поле свидетельствуют о стратегическом характере решаемых Управлением задач и их властном уровне. Шестопер (пернач воеводы) в правой лапе орла символизирует административно-распорядительную функцию Управления, а пальмовая ветвь в левой лапе – внешнюю дипломатическую.