Герб Военно-медицинского управления ФАПСИ. 1999-2003.

В зеленом русском щите обвитая серебряной змеей серебряная чаша, постаментом которой служит окраенный серебром червленый равноконечный крест.

Щит поверх стоящего острием вниз серебряного меча помещен на груди увенчанного одной золотой императорской короной с окаймленными золотом ниспадающими лазуревыми лентами золотого двуглавого орла с черными молниями на распростертых крыльях.

Раскрытие символики герба. Составная фигура в зеленом щите, соответствующем цвету просветов на офицерских погонах военных медиков, суть традиционная эмблема медицины, дополненная военно-санитарным знаком Красного креста.